Бактерии в изобилии обитают в море; например, установлено, что 90% всей биомассы океана составляют организмы, имеющие размер менее 10 мкм, т. е. бактерии. В зависимости от географического расположения моря от 20 до 60% первичной продукции органического вещества проходит через свободно живущих гетеротрофных бактерий.
Бактерии могут разлагать различные органические вещества. Именно поэтому интенсивно исследуются их способность разлагать нежелательные синтетические вещества, такие .как пестициды, красители, а также нефть (причем не важно, поступили ли эти вещества в окружающую среду). например, найлон, впервые выпущенный в 1939 г., разлагается бактерией рода Flavobacterium, у которой за такой короткий срок, очевидно, возникли два новых фермента. некоторые бактерии разлагают пестициды столь быстро, что ограничивают их воздействие на вредителей. Другие бактерии, по-видимому, могут быть использованы для извлечения нефти из различных пород.
Кроме экологической роли бактерий необходимо отметить, что многие из них являются возбудителями очень серьезных заболеваний человека и животных, включая туберкулез, холеру, сибирскую язву, гонорею, дифтерит, столбняк. Они вызывают болезни растений, нанося экономический урон. Только в США известно более 200 видов бактерий, которые признаны патогенами растений. Например, бактериальный ожог поразил тысячи грушевых деревьев, распространившись по всем США, начиная с восточного побережья, куда был завезен в 1880 г. К 30-м годам эта болезнь практически уничтожила все грушевые посадки. Сейчас выращивание груш в США ограничено несколькими районами.
Бактерии используются как коммерческие источники разнообразных антибиотиков, таких ,как тиротрицин, бацитрацин, субтилин и полимиксин В. Многие бактерии необходимы дял получения лекарств и других химических соединений, например уксусной кислоты, аминокислот и ферментов. Кроме того, производство большинства сыров предполагает бактериальное сбраживание лактозы до молочной кислоты. которая осаждает белки молока. Те же самые бактерии используются и для получения простокваши. Кроме того, молочная кислота играет защитную роль в процессе квашения капусты и огурцов.